Se hai abilitato il Clean Url e questo non dovesse funzionare l'accesso al tuo sito è impossibile e quindi è impossibile anche accedere alle pagine di configurazione per disabilitare il "clean url".
Le soluzioni sono due:
1 SQL Script da eseguire sul DB
UPDATE variable SET value = 's:1:"0";' WHERE name = 'clean_url';
DELETE FROM cache;
2 Aggiungere questa linea al file settings.php
$conf['clean_url'] = 0;