ottimizzazione SEO a rischio con subfolder ? e .htaccess ?

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ottimizzazione SEO a rischio con subfolder ? e .htaccess ?

Salve a tutti......

Domandone banale...ma spigoloso...

Se come ROOT creo una sottocartella "qui" , nella quale installerò il mio CMS ......

ossia : www.ilmiosito.com/qui/

rischio di sotto-ottimizzare eventuale visibilità ?

...e poi...
Che succede con il file .htaccess ?

se installo direttamente in "public_html" (nel mio caso) verrà sovrascritta da quella presente nei file di installazione di drupal...

se installo in "qui" mi rimane l'enigma di due file .htaccess ....