grosso problema con cron

Salve,
Ho spostato il sito su una vps per avere prestazioni migliori, ed in effetti sarebbe così, se non capitasse questo:
al mattino il cron deve compiere delle operazioni un po' complesse, piu' che altro lunghine, importazione di nuovi contenuti.
Di fatto, esso si pianta, perche' nei log esce la solita dicitura "cron è stato fermo per più di un'ora e sembra piantato", qualcosa di simile.
i log di apache dicono:
[Mon Oct 03 06:51:46 2011] [warn] [client 82.211.10.13] mod_fcgid: read data timeout in 45 seconds
[Mon Oct 03 06:51:46 2011] [error] [client 82.211.10.13] Premature end of script headers: cron.php
Per il momento, l'unico modo che ho per risolvere il problema è eliminare la variable cron_semaphore tramite drush, per poi riavviare cron.
Funziona, ma capite che mi rifiuto di farlo ogni mattina!
Che cosa significa questo messaggio?
come vps uso una debian squeeze a 64 bit con plesk10.
Purtroppo le mie conoscenze di linux sono troppo arrugginite, per cui ho bisogno di una mano, grazie.